Ну...несколько лет занимался ремонтом старых фордовских заднеприводных А4ЛД, так что могу немного рассказать...
Муфты и ленты приводятся в действие давлением масла. На старых коробках распределением давления занималась чисто гидравлика, на современных - э-м клапана. Удары, или, скажем так - заметность переключения зависит от кучи факторов. От давления масла в коробке, от тяги мотора, от живости опор силового агрегата, от люфтов в трансмиссии между коробкой и колесами...В общем случае, если в масле не ощущается гарь и посторонних частиц, толчки могут быть связаны с повышенным давлением(резкость и/или не полная синхронность срабатывания муфт). А давление может быть повышено например из-за того что масло еще не прогрелось...ну или же мозг коробки некорректно регулирует давление. Поскольку регулировкой давления занимается электроника, то тут надо понимать, что результат ее вычислений сильно зависит от того, насколько хорошо работает сам мотор и показания датчиков мотора соответствуют реальности и друг-другу. Т.е., если, к примеру, у вас глючит лямбда и идет перелив, то мотор вроде бы и прет(неисправность заметна только по повышенному расходу), то вот коробка уже может начать пинаться при переключениях. Да даже банальные скачки напруги уже могут давать некоторые глюки. Чем больше электроники, тем сильнее все взаимосвязано и тем сложенее порой бывает отловить глюк.
Ну а дрожь на передаче на месте - это доп нагрузка на мотор от коробки.
Лично лет пять ездил на коробке(неэлектронной), которая при включении второй на определенных оборотах такой пинок давала, что зимой колеса проворачивались на скользкой дороге. При этом я могу точно сказать, что она ни на грамм не умирала все это время, т.к. я ее после разбирал и видел состояние.
В целом, конечно постоянные пинки - это не хорошо, особенно, если механизм нежный. Хз, какой там запас заложен. Поэтому, если видите, что коробка пинается, особенно на холодную, не насилуйте ее. Старайтесь педалью газа подбирать так моменты переключений, чтоб пинки сводились к минимуму. Ну и грейте коробку по утрам и следите за радиаторами, уровнем масла и состоянием системы управления мотором. Очень часто неисправность инжектора люди принимают за неисправность автомата.