Про ЕГР все сомнительно. Штука спорная - грязи гонит много, ради этого стоит отключить. В то же время, кроме экологии, еще и участвует в разных режимах работы мотора - от торможения до круиза. Поэтому в прошивке отключать его тупо накинутой маской на ошибку - нельзя, должно быть полноценное удаление его из алгоритмов.
Я отключал у себя прошивкой, заглушку не ставил, т.к. отключал исправный клапан (нормально закрытый), разницы в поведении мотора не увидел.