Я частично решил свою проблему! Как оказалось, был забит радиатор интеркулера , и до радиатора охлаждения двигателя просто не доходили потоки воздуха. После того как сняли передний бампер и промыли хорошенько все радиаторы, двигатель перестал перегреваться. Но небольшие толчки при переключении со первой на вторую и со второй на третью остались!
НО заметил интересный момент! Если переключаться вручную, то толчков нет вообще!!! Я так понял, что Заливка калибровок, это просто программа коробки, в которой указано в параметрах, когда и как коробке переключаться... И если подключиться к коробке во время движения, и немного откорректировать эти самые данные калибровки, то можно очень легко и просто избавиться от не приятных ощущений, вызванных не корректной работой АКПП!