АКПП в аварийном режиме - это значит , что в электрооборудовании авто (двигатели и трансмиссии) АКТУАЛЬНАЯ ОШИБКА. Где именно , надо диагностировать. Под АКТУАЛЬНОЙ ОШИБКОЙ можно понимать замыкание на массу или обрыв (соленоид , датчик первично , вторичного валов , обрыв проводки , разбитый штекер , нет контакта , нет массы , что то не подсоединили и т.п.) Т.е. могли тупо накосорезить , когда ставили трансмиссию , а может проблема и в самой б/у АКПП. Диагностируйте , ошибка явная.